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纳米位移台在真空环境下的表现，和在空气中相比往往是“明显不一样的”，而且这种变化既可能变好，也可能变差。
首先是摩擦和润滑变化。进入真空后，空气阻尼消失，运动阻力减小，高频响应有时会更干脆。但同时，普通润滑脂容易挥发或失效，摩擦系数反而变得不稳定，低速爬行、方向切换迟滞更容易出现。
其次是真空放气和污染问题。材料和润滑剂在真空中放气，会污染传感器或样品区，间接影响位移稳定性和重复性，这在纳米级定位时非常明显。
温度效应会被放大。真空中几乎没有对流散热，驱动器和致动器产生的热量更难散出，结构热膨胀更集中，长时间扫描时容易出现缓慢漂移。
对压电纳米位移台来说，迟滞和蠕变特性在真空中基本仍然存在，但由于环境更稳定，有时短时间内的噪声会下降；相反，长期漂移可能更突出。
传感器和电缆也会受到影响。电容式、应变式传感器在真空中一般可用，但对污染更敏感；线缆刚性在真空中表现更明显，拖拽力对微小位移的影响会被放大。